Với tổng diện tích 15.783 ha, trong đó diện tích rừng và đất rừng là 6.125 ha với hơn 40 hòn đảo lớn nhỏ và 9.650ha diện tích mặt nước biển, vụng áng, bãi triều ngập nước. Trong đó khu sinh thái đảo Ba Mùn, xã Minh Châu là vùng lõi của vườn quốc gia. Các loài động thực vật sinh sống trong vườn rừng và vùng biển tại khu vực Vườn Quốc gia Bái Tử Long rất phong phú, quý hiếm, có giá trị cao về bảo tồn nguồn gen.

Đây còn là khu bảo tồn về cảnh quan thiên nhiên, bảo tồn văn hóa lịch sử với các di chỉ khảo cổ như hang Soi Nhụ nơi phát hiện sự tồn tại của người Việt cổ cách đây khoảng 14 nghìn năm với dấu tích một thương cảng Vân Đồn sầm uất trước đây.

Nằm trong quần thể Vườn quốc gia Bái Tử Long có xã Minh Châu, nơi sở hữu bãi biển tự nhiên cát trắng mịn dài khoảng 2 km được đánh giá là một trong những bãi biển đẹp nhất Vịnh Bắc Bộ. Phía trên bãi biển là khu rừng trâm nguyên sinh trải dài trên diện tích 14ha rất phù hợp với phát triển du lịch sinh thái.

Đây là một vòng cung núi hình tròn khép kín ở giữa là một hồ nước xanh ngắt phẳng lặng, thông với biển bằng một đường hầm tạo ra bởi một chiếc hang mà đáy bị ngập nước. Hang Luồn dài gần 60m, nóc hang chỉ cao từ 2,5m đến 4m tuỳ theo con nước thủy triều.

Vòm hang hình cánh cung với nhiều nhũ đá rủ xuống. Hồ nước bên trong trông như một sân vận động với các dãy khán đài vát lên cao vút, quây tròn xung quanh. Trên vách đá có nhiều dương xỉ, vạn tuế và phong lan. Các tàu du lịch không vào được trong hang mà chỉ neo đậu gần cửa. Du khách nào muốn vào thì phải xuống các thuyền nan nhỏ, mỗi chiếc chở được chừng 10 đến 15 người. Cả đi vào và đi ra mất chừng 20 phút. Nên mang theo phao cứu hộ. Đi thuyền vào trong hang du khách không phải trả tiền vì đã được tính trong tiền vé tham quan. Đang có dự án xây các nhà nổi cho du khách ở qua đêm tại đây.

Hang Đầu Gỗ còn gọi là hang Giấu Gỗ, cửa hang hình con sao biển lớn cách mặt biển hơn 20m. Đáy hang thấp hơn cửa hang 8m, càng vào trong càng hẹp lại. Trong hang có rất nhiều nhũ đá, măng đá khổng lồ.

Trước kia nhiều người tin rằng cái tên Đầu Gỗ có nghĩa là công xưởng và kho chứa các cây gỗ lim dùng để chôn xuống lòng sông Bạch Đằng trong cuộc chiến tranh chống quân Nguyên Mông thế kỷ 13. Nhưng cũng có người cho rằng ý kiến này không có căn cứ vững chắc.

Hiện nay người ta đã xây đường lên hang với 90 bậc, có đèn chiếu sáng, quầy lưu niệm. Công việc sửa sang đã hoàn tất vào đúng ngày 2/9/1999.

Nằm ở trung tâm thành phố Hạ Long, có độ cao 200m, núi Bài Thơ là một di tích có giá trị văn hoá lịch sử quan trọng. Trước kia núi có tên gọi là núi Truyền Đăng. Đến tháng 2 năm 1468, nhân một dịp đi kinh lý vùng Đông Bắc, cảm hứng trước cảnh đẹp thần tiên của Vịnh Hạ Long vua Lê Thánh Tông đã làm một bài thơ và cho khắc vào vách núi phía Nam. Từ đó núi có tên là núi Đề Thơ, sau được gọi là núi Bài Thơ. 261 năm sau (năm 1729), nhân dịp duyệt thủy quân trên Biển Đông, chúa Trịnh Cương đã là một bài thơ họa lại bài thơ của vua Lê Thánh Tông và cho khắc ngay gần đấy.

Ngoài ra Núi Bài Thơ còn dấu tích bài thơ của Nguyễn Cẩn và một số bài thơ khác. Ngay dưới chân núi Bài Thơ có chùa Long Tiên mới được xây dựng vào năm 1940 để thờ Phật và các vị tướng triều Trần có công với nước. Ngôi chùa mang những nét kiến trúc rất độc đáo. Gần ngôi chùa này cũng có một con đường dẫn lên đỉnh núi. Ở Bến Đoan ngay gần chân núi còn có ngôi đền nhỏ do các chủ thuyền thường xuyên buôn bán qua vùng biển Đông Hải cùng nhau góp sức xây dựng. Đền thờ vị tướng tài Trần Quốc Nghiễn, con trai cả của Trần Quốc Tuấn. Trần Quốc Nghiễn là người có công lớn trong các cuộc chiến đấu chống giặc ngoại xâm của triều Trần, đặc biệt là quân Nguyên Mông xâm lược lần thứ ba năm 1288. Đến 1913 đền đã được trùng tu lại như ngày nay.

Động dài 100m, rộng từ 5 - 10m trải dài theo hướng Bắc Nam. Một con đường nhỏ dẫn lên phía trên cao, nơi đây bốn mùa nước chảy róc rách, những nhũ đá đang được hình thành trắng nõn và mềm mại từ trần động buông rủ xuống. Và kìa, phía ngăn động trong cùng, trận địa cọc Bạch Đằng xuất hiện, có đến hơn 30 chiếc cọc gỗ lim của Trần Hưng Đạo đã dùng cắm xuống dòng sông Bạch Đằng lại hiện hữu ở nơi đây, những thớ gỗ lim nứt nẻ màu nâu xám tưởng chừng như sắp đổ gẫy, nhưng kỳ thực chúng vô cùng vững chắc. Đó là những măng đá đấy, chúng được phân bố khắp nơi, dày đặc chi chít nhưng có hàng lối rõ ràng, chúng nhẵn bóng và cao chừng 30 - 40cm, trông hệt như bãi cọc bằng gỗ thật.

Động gắn liền với truyền thuyết về Rùa Vàng xưa. Chuyện kể rằng sau khi Rùa Vàng giúp vua Lê Lợi đánh tan quân giặc, Rùa Vàng lấy lại gươm và bơi về bể đông, khi đến Hạ Long này có nhiều yêu quái quấy nhiễu, Rùa Vàng xin với vua Thuỷ Tề ở Hạ Long diệt trừ yêu quái. Sau khi diệt xong yêu quái, Rùa Vàng cũng vì đó mà kiệt sức, đã tìm cho mình một động rồi hoá đá trong đó.

Hai hang cách nhau 700-800m qua một vụng biển nhỏ. Các cửa hang quay về hướng khác nhau. Đứng từ hang này mà hét to thì ở hang kia có thể nghe thấy.

Hai hang này chẳng những có rất nhiều nhũ đá và cảnh đẹp, mà còn hấp dẫn du khách vì một sự tích rất cảm động. Ở một hang có một tảng đá nằm ngang trông như một cô gái nằm xoã tóc vươn tay ra biển vì vậy được gọi là hang Trinh Nữ. Chiếc hang kia có một cột nhũ đá rất cao trông như một chàng trai khổng lồ đứng nhìn ra khơi xa. Dân chài nói là vào các ngày mưa to gió lớn, đi qua đây nghe tiếng gió đập vào vách núi bập bùng như tiếng trống và họ gọi hang này là hang Trống.

Dân gian kể rằng hai khối đá này là một cô trinh nữ và một chàng dân chài đã bị hoá thành đá trong lúc họ đi tìm nhau. Chàng trai nghèo quyết chí ra khơi xa đánh cá để có tiền cưới vợ. Ở nhà bị bố mẹ ép gả cho người khác, cô gái đã bơi thuyền trốn ra biển để tìm người yêu. Trong dông bão, họ đã đến được hai chiếc hang gần nhau và nghe được tiếng gọi, tiếng trống của nhau nhưng rồi sau mấy ngày họ vẫn không tìm được nhau và phải chết trong tuyệt vọng giữa cái mê hồn trận của biển cả và núi đảo trên vịnh.

Cửa hang rất rộng (50-70m), phía trên uốn hình cung và có nhiều nhũ đá lớn rủ thành từng chùm. Bức ảnh chụp cửa hang Bồ Nâu từ trong nhìn ra với vòm cửa và các nhũ đá đen xẫm như hàm răng một con quái vật khổng lồ, bên ngoài là biển với các hòn đảo đá xù xì và chiếc thuyền buồm cánh dơi, được coi là bức tranh ảnh nghệ thuật thành công sớm nhất về vịnh Hạ Long. Bức ảnh này được ông Nguyễn Duy Kiên chụp vào năm 1958 và các bức ảnh cũng chụp ở góc nhìn này thường xuyên được sử dụng như một hình ảnh điển hình của vịnh Hạ Long.

Đây là hang lớn và có một vẻ rất độc đáo, người Pháp đã tìm đến hang này từ năm 1901, và trong cuốn Du lịch Hạ Long xuất bản năm 1938, họ gọi hang này là Grotte des surprises (Hang động của sự sửng sổt). Miệng hang cách mực nước biển khoảng 25m, bị che khuất dưới các tán lá xum xuê. Từ cửa hang nhìn ra một vùng biển lặng vây quanh bởi vòng cung của núi Bồ Hòn và cách đó chưa tới 1km là những hòn núi nhỏ, nơi cửa hang Bồ Nâu nhìn ra biển. Tại vùng biển này, các thuyền chài tụ tập thành một làng mà quanh đó có các hang Bồ Nâu, Mê Cung, Hang Luồn, đảo Ti Tốp, hòn Đầu Người...

Giữa hang có một cột nhũ khổng lồ nối thẳng từ nóc xuống nền hang, rất đẹp. Khi đi gần hết hang, ta trông thấy những tảng đá khổng lồ, to hơn một căn phòng, nằm dưới đáy hang mà phần trên của các tảng đá này tưởng như có thể lắp khít lên trần hang phía trên cao.Lòng hang gồm có ba ngăn nối với nhau bởi các ngách ngăn rất hẹp. Ngăn ngoài có trần cao với rất nhiều nhũ rủ xuống. Đặc biệt ngăn thứ ba bỗng nhiên mở rộng mênh mang với mái vòm cong in hình các vệt lõm bằng chiếc mũ rất đều và mịn, trông giống như một nhà hát Opéra khổng lồ thời trung cổ, rất có ấn tượng cho một cuộc đại trình diễn ca múa nhạc kịch. Tiếng nói trong hang nghe rất rõ do không bị vang vọng. Đặc biệt, ở khoang này hầu như không có nhũ vì nóc hang không có khe nứt, không có nước nhỏ giọt.

Hang này nằm ngay gần hang Đầu Gỗ, cửa hang ở trên độ cao 25m. đây là một hang động vào loại đẹp nhất ở Hạ Long mà con người biết tới. Hang rộng gần 10.000m² có cấu trúc rất phức tạp, gồm nhiều cấp, nhiều ngăn với các trần và bờ vách rất cao, rộng. Đặc biệt trong hang, ở đâu đâu ta cũng thấy vô vàn các khối nhũ, măng đá với các hình dáng kì lạ. Vì vậy người ta đã hình dung ra cả một huyền thoại về cuộc tình và sự chia tay của Rồng bố, Rồng mẹ đã diễn ra trên vách đá hoặc nghĩ rằng đây là hình ảnh của các mê cung của Hoàng đế Ba Tư trong chuyện Nghìn lẻ một đêm.

Ở ngách phía trong, hang lại thông ra ngoài bằng một cửa nhỏ, nhìn xuống một vịnh biển nhỏ bị vây kín bởi một vùng cung núi. Trong hang cũng thấy có một dòng chữ trên vách đá và con số 1901. Có lẽ đây là bút tích của nhà thám hiểm đầu tiên đã tìm tới hang này. Bây giờ người ta đã xây hẳn một hệ thống cầu thang, hành lang đẹp và công phu cả ở bên ngoài và bên trong hang với các hệ thống đèn chiếu sáng để du khách dễ dàng vào thăm hang. Ngày 1/5/1998, động Thiên Cung chính thức mở cửa đón du khách và từ đó đã tạo thành một làn sóng du lịch để về vịnh Hạ Long. Đây là chiếc động đầu tiên ở Hạ Long đã được con người sủa sang với quy mô lớn. Sắp tới hang này sẽ được sửa sang một lần nữa với mục đích cố gắng giữ gìn vẻ đẹp tự nhiên của nó.

Đây là một chiếc hang thấp chạy dài tới 2km. Cửa hang nằm ở chân núi Quang Hanh, nằm ven bờ biển. Muốn vào hang phải đi bằng thuyền nhỏ, chờ cho đến khi nước thuỷ triều xuống vì trần hang rất thấp. Người chèo thuyền phải biết rõ lúc nước lên để nhanh chóng ra khỏi hang. Trước khi vào hang phải mang theo đuốc hay đèn pin.

Có thể đến động Hang Hanh bằng cách thuê ca nô đi từ bến Đoan ở Hòn Gai hoặc đi ô tô đến thị xã Cẩm Phả. Tại bến tàu Cẩm Phả, có thể thuê thuyền hoặc ca nô ra Hang Hanh. Tại cửa hang, có các thuyền nhỏ chở thuê vào thăm hang. Bình thường một thuyền 10 chỗ đi vào và ra trong vòng 60-90 phút. Trước khi đi nên hỏi rõ về giờ nước xuống để có thể vào hang và trở ra an toàn. Cheo leo bên cửa hang có một ngôi miếu nhỏ gọi là miếu Ba Cô. Miếu này thờ ba cô trinh nữ đi biển đã vào đây tránh gió. Mê mẩn vì vẻ đẹp của hang, các cô đã bị nước triều dâng lên chẹn mất lối ra và chịu chết trong một vòm hang hẹp. Dân chài thường lên miếu thắp hương xin linh hồn ba cô phù hộ cho họ.

Miệng hang cách mặt biển 20-25m. Cấu trúc cửa hang rất phức tạp, có rất nhiều khoang, vách ngăn thông với nhau bởi các khe hẹp, chỉ đủ cho một người đi. Ngay trên cửa động có một bãi phẳng khá rộng với vòm mái động cũng khá rộng, phẳng và đua ra phía trước trông như một tiền sảnh. Các khoang bên trong với các lối đi ngoắt ngoéo dài gần 100m làm ta có cảm giác sống trong một biệt thự lớn dưới lòng đất.

Ngay trước cửa hang có các vỏ ốc suối do người tiền sử mang về làm thực phẩm tích thành các lớp dày đến 2-3m. Ở lối ra nhìn từ cửa hang xuống bên dưới là một hồ nước bị núi vây kín, rất đẹp.

Trong hang có nhiều dấu vết chứng tỏ trước kia đã có người vào khai thác phân dơi hoặc ẩn náu ở đây. Hiện nay các công việc sửa sang, tham quan du lịch tạm thời bị đình chỉ vì trong hang còn rất nhiều dấu vết cư trú của người tiền sử. Các nghiên cứu cho thấy họ là các cư dân của nền văn hoá Hạ Long giai đoạn sớm.

Hang rộng 4.500m², nằm ở độ cao 25-28m so với mực nước biển, cửa hang quay về phía tây bắc, lòng hang có cấu trúc phức tạp, nhiều tầng bậc, nhiều hốc khe.

Động Tam Cung nằm trên đảo Mây Đèn - một hòn đảo nằm gần như tách biệt với các đảo khác. Hòn Mây Đèn vách đá dựng đứng chênh vênh, rừng cây xanh tốt.

Ở cả ba ngăn động, nhũ đá tạo ra những hình thù tự nhiên sống động như tiên ông với chòm râu bạc phơ, ba ông tam đa trầm mặc, nụ hoa quỳnh trắng muốt, rồi nào là hình sư tử, hải cẩu, tượng thuỷ thần...

Vào ngăn thứ nhất, bất chợt ta dừng bước lặng nghe đâu đó vang lại những âm thanh như tiếng đàn T’rưng hoặc đàn đá thánh thót. Chưa hết ngạc nhiên, du khách bỗng gặp một "ông tiên" đang chống gậy leo núi, chòm râu trắng phơ bay trong gió. Và đây nữa, ba "ông tam đa" đang đứng trầm mặc trên vách động nhìn cảnh trần xuôi ngược. Từ trần động một nhũ đá giống hệt nụ hoa quỳnh trắng muốt đang chúm chím nở giữa rừng hoa nhũ đá.

Từ ngăn thứ nhất đến ngăn thứ hai qua một khe cửa nhỏ, bước đi gập ghềnh, nơi đây như là một bảo tàng tự nhiên sống động, nào là sư tử đá, hải cẩu, tượng thuỷ thần... Và chính giữa ngăn thứ hai là một dòng suối tiên quanh năm nước ngọt tràn trề, hai bên vách động là những bức rèm đá buông rủ từ trần xuống thướt tha, tất cả dường như đang lay động.

Đến ngăn trong cùng du khách sẽ được xem một bức phù điêu hoành tráng trên đó chạm trổ những hình thù kỳ dị nhưng lại rất công phu, tầng tầng lớp lớp trong một chỉnh thể chung cân đối, hài hoà, những bông hoa, gậy trúc xinh xắn, những bức rèm đá tự nhiên, những chú voi hiền từ đang ngủ...

Năm 1975, người ta đã đắp đập làm hồ để tưới tiêu cho các huyện Hoành Bồ, Yên Hưng, Uống Bí... với tổng diện tích 182km². Sau khi hoàn thành, mực nước ở đây dâng cao, ôm quanh chân núi tạo thành một hồ nước lớn có nhiều cảnh đẹp hấp dẫn với những đảo nổi tự nhiên như đảo Bàn Tay, đảo Canh, đảo Cua, đảo Giáp Giới.... cùng với rừng thông bao la phủ kín các ngọn đồi tạo nên cảnh đẹp nên thơ. Du khách thường đi thuyền trên hồ Yên Lập đến chùa Lôi Âm lễ Phật và ngắm cảnh. Chùa được dựng vào thế kỷ 15 trên núi Lôi Âm. Trải qua thăng trầm của lịch sử, chùa không còn nữa nhưng vẫn giữ được không gian rộng lớn của nền chùa với vườn tháp, vườn bia và cây hương đã có niên đại từ thế kỷ 17.

Lễ hội chùa Lôi Âm diễn ra vào ngày 27/1 âm lịch.

Các hang này khá dài và tối, đôi chỗ có những khe sáng lọt xuống, Các vách đá ở gần cửa hang có nhiều phong lan, trúc đuôi gà. Ở cuối hang thứ hai có một cây khế cổ thụ mà sóc, khỉ, vẹt hay đến ăn trái. Hang thứ ba có nhiều dơi cánh bướm, lòng hang rất đẹp, có thể nhìn thấy đáy hang và thấy cá bơi ở đó. Có nhiều thuyền nan chờ ở cửa để đưa du khách vào trong hồ, mỗi chiếc chở được 6-7 người. Mỗi lần ra vào trung bình mất 45 phút. Du khách phải trả tiền đò theo giá thoả thuận từ 10-15 nghìn đồng/chuyến. Trước khi dời tàu xuống thuyền nhớ mang theo phao cứu hộ.